2008/07/29-30 PubMed講習会での質問と回答


【質問1】
My NCBIを使っていて、画面が真っ白になることがよくあるが、何か不具合なのだろうか。
【回答】
ブラウザの問題が考えられます。
情報元URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/unsupported-browser.html

1.ブラウザのバージョンが古い
NCBI(PubMedの作成元)では、使用しているブラウザが適正かどうかを判断するサイトを作っていますので、上記のURLをクリックしてみてください。
推奨ブラウザは次のとおりです。WindowsではInternet Explorer6.0以上、Firefox2.0以上、Opera9以上。MacではSafari1.3以上、Firefoxの2.0以上、Opera9以上。UnixではFirefox2.0以上、Opera9以上、SeaMonkey 1.0.9以上。
なお、Macでは、Internet Explorerは既にサポートが停止されていますので、お勧めできません。

2.Cookieの設定
 Cookieとは、ブラウザ上でユーザの情報を使うためのしくみです。PubMedはCookieを、Preview/Index, Clipboard, History, My NCBI などの双方向の機能を使う際に使用しますので、ブラウザの設定でCookieを有効にしておく必要があります。

3.Java Scriptの設定
 JavaScriptは、Webサイトに動きや対話性を付加するために用いられます。PubMedのサイトではこの機能を使用していますので、ブラウザの設定で、JavaScriptを有効にしてください。

4.タイムアウトのメッセージが出たとき
 PubMedではHTTP/1.1という転送規格を使用しています。通常のブラウザでは、初期設定でこのHTTP/1.1が設定されていますが、タイムアウトのメッセージが出たときは、「戻る」ボタンで戻って、HTTP/1.1を設定してください。InternetExplorerでの設定方法は以下のとおりです。

1) [ツール]メニューの[インターネットオプション]を選択します。
2) [詳細設定]タブをクリックしてください。
3)http1.1の設定で、「HTTP1.1を使用する」「プロキシ接続でHTTP1.1を使用する」の両方をチェックします。
4)[ OK ]をクリックします。
5)InternetExplorerを一旦終了して、再起動してください。

 そのほか、ノートン等のファイアウォール機能により、タイムアウトのメッセージが出ることがあります。

 

【質問2】
複数のキーワードを入力して検索する時、項目間をスペースで区切るのとANDを入れるのではどう違うのか。同じなのか。
【回答】
 基本的にはスペースを入れるとAND検索になりますが、以下のような理由で検索結果が変わる場合があります。
 例えば「breast cancer drug therapy」とスペースで区切るのと「breast cancer AND drug therapy」とANDを入れた場合では、結果は同じです。 しかし、「air bladder fistula」とスペースで区切るのと「air AND bladder fistula」と入れるのでは、結果の件数が違います。その理由は、入力したキーワードとその順番が関連します。「breast cancer drug therapy」と入力した場合、PubMedは、まず「breast cancer drug therapy」という言葉をMeSH変換表で探し、ないので、次は「breast cancer drug」を探し・・・と一語ずつ後ろから減らしていきます。その結果、変換表から導かれるキーワードが「breast cancer(breast neoplasms)」及び「drug therapy」となり、「breast cancer AND drug therapy」の検索をしたことになるので、両方とも検索結果は同じです。
一方で、「air bladder fistula」の場合は、「air bladder fistula」はMeSH変換表にありませんが、「air bladder」はMeSH変換表にありますので、「air bladders(air sacs)」及び「fistula」で検索をします。ところが、「air AND bladder fistula」と入れると、「air bladder」という言葉で検索することを妨げるので、「air」及び「bladder fistula(urinary bladder fistula)」で検索をすることになり、検索の内容が変わります。このように、PubMedの検索結果は、キーワードの順番にも左右されます。
どのような検索がされたかを確認するには、「Details」タブをクリックして、PubMedがどんな検索をしたかを確認してみてください。



【質問3】
複数の単語で構成されるキーワードを入力して検索する時、項目間をスペースで区切るのと、キーワードごとに検索してHistoryからAND検索するのとはどう違うのか。
【回答】
 質問2の答えと関連しますのでそちらをまずご覧下さい。
スペースで区切るだけの検索は、キーワードをPubMed独自の方法でフレーズ取りされて間違った検索になってしまう場合があります。そのような場合には、キーワードの間にANDを入れてフレーズ取りされることを回避してください。検索ボックス上でAND検索をすることと、Historyタブ上でAND検索をすることでは、検索件数は変わりません。
 なお、AND、ORなどの論理演算子は、原則として大文字で入力します。小文字で入れると、検索対象外のキーワード(ストップワード)ですので、無視されます。他にもthe, a,などのストップワードがあります。一覧は、次のURLをご覧下さい。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.table.pubmedhelp.T43



【質問4】
大文字小文字は関係がないということだったが、物質名で検索して、違う件数が出てきたことがある。そういう場合もあるのか。
【回答】
 基本的には、大文字小文字の区別はありません。AND検索やOR検索を行う際には、原則として大文字で入力します。PubMedを検索して疑問を感じた時には、まずは「Details」タブをクリックして、PubMedがどんな検索をしたかを確認してみてください。



【質問5】
Abstract Plus形式では、Related Articles(関連文献)が出てくるが、あまり関係ない論文が出ているように思えることがある。どうやってあの論文は選ばれているのか。
【回答】
Related Articlesは、キーワードの出現頻度や内容を分析して重み付けして、コンピュータが計算しています。具体的にどのような方法が取られるかは、こちらのページをご覧下さい。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/corehtml/query/static/computation.html
基本的には、ある文献と関連する文献を探す場合には、その文献データに付与されているキーワードやMeSHなどを使用して検索しなおす方が効果的です。けれども、このRelated Articlesは、新しく現れた概念や疾患、名称が確定していない概念等について関連文献を調べる際に有効です。


【質問6】
My NCBIのメールアラートで新しく検索された論文データを送らせるようにしているが、送ってくるデータが、PubMedに収録されるよりずいぶん遅いように感じることがある。ここにタイミングの差はあるのか。
【回答】
メールアラートで検索される新しいデータにはまだ索引付けがされていないため、MeSH等のキーワードや各種のタグは付与されず、Limitsでの絞り込みも有効ではありませんので行われません。そのために、検索が思ったように行われていない場合があり、索引付けに時間がかかるために、データがPubMedに既に入っている場合でも、データが検索されてくるのが思いのほか遅くなることも考えられます。
My NCBIの検索ストラテジーは、次のとおりです。
(Query AND T1 : T2 [MHDA]) NOT (Query [TIAB] AND 0001 : T1 [EDAT])
* Query = 保存した検索式
* T1 = 最後にデータを検索した日時
* T2 = 現在の日時
* 0001 = 最初のデータ
* [MHDA] = MeSH追加日。(MeSHが付与されるまで、MHDAの値はPubMed追加日と同じ)
* [EDAT] = PubMed追加日
* [TIAB] =タイトルと抄録に含まれるキーワードを検索する

例えばHeart Attackというキーワードを登録していたとして、2008/01/07 11.00に最後の検索をして、今が2008/01/13 09.59である場合、次のような検索式になります。
("myocardial infarction"[MeSH Terms] OR
("myocardial"[All Fields] AND "infarction"[All Fields]) OR
"myocardial infarction"[All Fields] OR
("heart"[All Fields] AND "attack"[All Fields]) OR
"heart attack"[All Fields]) AND
"2008/01/07 11.00"[MHDA] : "2008/01/13 09.59"[MHDA]) NOT
(heart attack[TIAB] OR
("myocardial"[TIAB] AND "infarction"[TIAB]) OR
"myocardial infarction"[TIAB] OR
("heart"[TIAB] AND "attack"[TIAB]) AND
"0001"[EDAT] : "2008/01/07 11.00"[EDAT])

情報元URL:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/bv.fcgi?rid=helppubmed.section.pubmedhelp.My_NCBI

 

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2008.08.13作成